Если поезд идет за границу, то можно приобрести проблемы от таможенных органов.
Именно так. Если нет документов (как с той, так и с другой стороны), разрешающих вывоз/ввоз станции, ее конфискуют и наложат большой штраф. Более того, скажу, что вообще работать в эфире без разрешения нехорошо -- это может привести к серьезным последствиям и просто мешать людям, кому частота принадлежит по праву. Незанятых частот просто нет -- если частота кажется свободной, это может означать, что на ней выходят в эфир просто очень редко, а иногда и в чрезвычайных ситуациях. В крайнем случае (по принципу "нельзя но очень хочется") можно работать в пределах LPD-участка (все равно LPD-шек с разрешенными 10 мВт в природе нет) или на CB.
Что касается происхождения помех в поезде -- источником их являются в основном не двигатели, а освещение -- лампы дневного света, питающиеся от импульсных преобразователей.
Минимум вероятности проблем с органами будет, если для связи использовать "безлицензионные" (они у нас таковыми не являются и требуют регистрации, стоящей, как правило, больше самих станций, но внимания на них никто не обращает, в том числе и на границе) LPD и PMR (не FRS/GMRS!) станции. Хотя я не уверен, что будет связь, если не высовываться из вагонов. Правда, насчет заграницы -- есть страны, где не разрешен PMR, есть страны, где не разрешен LPD. А на/в Украине, к примеру, запрещен CB-диапазон.